Usulan pengelolaan PUSDAI oleh para ulama dan kaum intelektual tersebut realisasinya diambil dari para tokoh yang ada di Majelis Ulama Indonesia (MUI) dan dari kalangan akademisi.

Dari usulan tersebut pada tanggal 20 Agustus 1998, Gubernur Jawa Barat R. Nuriana (1993 – 2003) menerbitkan Kepgub Nomor 45 Tahun 1998, tentang pembentukan Badan Penyelenggara Yayasan Darma Bakti Jawa Barat untuk mengelola PUSDAI dan Monumen Perjuangan Jawa Barat, dengan Susunan Organisasi sebagai berikut :

1. Pembina
2. Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Barat
3. Dewan Penyantun
• Ketua : Prof. Drs. KH. Acep Djazuli
4. Kelompok :
• KH. Imang Manshur
• Dr. Ir. H. Hidayat Salim
• Dr. KH. Abdurrahman
• Drs. KH. Syamsuri Siddiq
• KH. Daud Gunawan

Dewan Penasehat

• Ketua : Drs. KH. Olih Komarudin

Kelompok :

• Drs. H. Endang Rahmat
• Dr.Ing. H. Suparno Satira
• Drs. KH. Achmad M. Chusowi
• KH. Abdullah Gymnastiar
• Drs. Wahyu Wibisana

Penyelenggara

• Direktur : Drs. KH. Miftah Faridl
• Direktur Pelaksana : Ir. H. Sodik Mudjahid, MSc.
• Bidang Administrasi dan Umum : Ir. H. Agus Hasbi Noor
• Bidang Pendidikan dan Pengkaderan : Dr. Ir. H. Zainal Abidin
• Bidang Pelayanan Ibadah dan Kemasyarakatan : Drs. H. Iding Bahruddin
• Bidang Pengembangan Informasi : Dr. H. Asep Saeful Muhtadi, MA.
• Bidang Kajian Islam dan Kebudayaan : Dr. Ir. H. Teuku Abdullah Sanny
• Bidang Baitul Maal wat Tanwil : Drs. H. Agus Syihabudin, MA.
• Bidang Pengelolaan Monumen : Drs. H. Agus Sumarno

Sedangkan Pengurus Yayasan masih menggunakan SK Gubernur Nomor 645.8/SK.1275-Huk/1996, dengan Ketua Pengurus Yayasan yaitu Drs. Dani Setiawan selaku Sekretaris Wilayah Daerah Tingkat I Jawa Barat.

Dengan diangkatnya Badan Penyelenggara tersebut maka dalam waktu yang relatif singkat kegiatan di PUSDAI sudah mulai terlihat geliatnya, pengelolaan organisasi mulai dijalankan, unit-unit aktivitas mulai didirikan dan program kegiatan mulai dilaksanakan, misalnya :

Bidang Pendidikan dan Pengkaderan mendirikan TK Islam Terpadu, Pengajian anak-anak (TKA/TPA), Pendidikan Guru TK, Pendidkan Guru SD, serta mengadakan seminar-seminar dan pelatihan-pelatihan kependidikan.

Bidang Pelayanan Ibadah dan Kemasyarakatan mengelola ibadah rutin dan Khutbah Jum’at dan kuliah Ahad Duha, juga mendirikan Majelis Taklim, memfasilitasi konsultasi agama dan keluarga, serta mengelola Balai Kesehatan

Bidang Pengembangan Informasi mengelola Galeri Mushaf Sundawi, juga mendirikan perpustakaan dan kursus Bahasa, serta menerbitkan buletin dan buku-buku.

Bidang Kajian Islam dan Kebudayaan mulai menyelenggarakan Kajian Jum’at Sore dengan mengundang ulama dan pakar dari berbagai disiplin ilmu, mendirikan kelompok Astronomi Amatir, Kelompok Arsitektur dan Lingkungan Hidup, dan lain-lain.

Bidang Administrasi dan Umum mengelola kesekretariatan, kebersihan dan keamanan.

Bidang Baitul Maal wat Tanwil mengelola keuangan dan baitul maal, juga mendirikan unit pengelola zakat, mini market, toko buku, wartel dan kantin. Unit ini juga bertanggung jawab untuk mengelola parkir, mengelola dan mempromosikan Gedung Serba Guna (sekarang Bale Asri), serta mengelola lembaga asuransi bekerjasama dengan Takaful.

Adapun untuk mengelola Monumen Perjuangan Jawa Barat diserahkan kepada Bidang Pengelolaan Monumen.

Unit-unit kegiatan di atas umumnya diusahakan dan didanai secara mandiri serta dibentuk berdasarkan masukan dari masyarakat dan kebutuhan yang dianggap perlu pada saat itu. Dalam waktu satu tahun kepengurusan, hampir semua unit-unit aktivitas di atas dapat terbentuk dan program kegiatan dapat dilaksanakan.

Selain kegiatan per bidang ada juga kegiatan yang dilaksanakan secara kolegial antar bidang, biasanya berbentuk kepanitiaan, seperti kegiatan Ramadan, peringatan hari besar Islam (seperti Muharam, Maulid Nabi dan Isra Mikraj), kegiatan yang berskala provinsi atau nasional (seperti seminar dan simposium) serta kegiatan yang ditugaskan dari Biro Bina Sosial Setwilda Jawa Barat (seperti Diklat Juru Dakwah).

Untuk menampung para remaja dan pemuda untuk berkativitas di PUSDAI serta untuk membantu terlaksananya kegiatan-kegiatan di PUSDAI, Pengurus PUSDAI membentuk Remaja dan Pemuda Islam PUSDAI (Rampai). Pengurus PUSDAI juga mulai merintis berdirinya Kelompok Bimbingan Ibadah Haji (KBIH).

Setelah kepengurusan Penyelenggara berjalan satu tahun dan dievaluasi, pemerintah menilai kinerja mengelola PUSDAI dan kegiatannya sudah berjalan dengan baik namun dalam mengelola Monumen Perjuangan masih belum berjalan sebagaimana yang diharapkan. Dari evaluasi tersebut pada tanggal 3 November 1999 Gubernur menerbitkan Kepgub nomor 84 Tahun 1999 tentang Pembentukan Badan Penyelenggara Yayasan Darma Bakti Jawa Barat Unit Pusat Dakwah Islam, untuk melaksanakan program kegiatan di PUSDAI sedang untuk mengelola Monumen Perjuangan Jawa Barat dibuat aturan tersendiri.

Adapun Badan Penyelenggaranya ditetapkan oleh Sekretaris Daerah Provinsi Jawa Barat selaku Ketua Badan Pengurus Yayasan Darma Bakti Jawa Barat dengan Keputusan Sekda Nomor 451.48/Kep.1178-Huk/1999 tentang Pengangkatan Personalia Badan Penyelenggara Yayasan Darma Bakti Jawa Barat unit Pusat Dakwah Islam dengan susunan personalia badan Penyelenggara masa bakti 1998 - 2002 sebagai berikut :

Penyelenggara

• Direktur : Drs. KH. Miftah Faridl
• Wakil Direktur : Ir. H. Sodik Mudjahid, MSc.
• Bidang Administrasi dan Umum : Drs. H. Iding Bahruddin
• Bidang Pendidikan dan Pengkaderan : Dr. Ir. H. Zainal Abidin
• Bidang Pelayanan Ibadah dan Kemasyarakatan : Drs. H. Djadja Djahari
• Bidang Pengembangan Informasi : Dr. H. Asep Saeful Muhtadi, MA.
• Bidang Kajian Islam dan Kebudayaan : Dr. Ir. H. Teuku Abdullah Sanny
• Bidang Baitul Maal wat Tanwil : Drs. H. Agus Syihabudin, MA.
• Bidang Penelitian dan Pengembangan : Ir. H. Agus Hasbi Noor

Pada tahun ini rencana program telah disusun untuk dilaksanakan pada tahun 2000 demikian pula rencana program dan pelaksanaannya di tahun-tahun berikutnya.

Pada masa ini Badan Penyelenggara di beri kebebasan penuh dalam mengelola PUSDAI, dan dengan pengaruh karismatik ulama dari pimpinan dan ditunjang profesionalisme para pengurusnya maka kegiatan-kegiatannya dapat berkembang dengan baik dan mendapat banyak dukungan dari para jamaah. Pada periode ini masyarakat sering menyebut dengan periode Kepemimpinan KH. Miftah Faridl.

Seletah tahun 2002 kepengurusan ini sempat diperpanjang dengan dikeluarkannya Keputusan Sekretaris Daerah Provinsi Jawa Barat selaku Ketua Badan Pengurus Yayasan Darma Bakti Jawa Barat Nomor 466.4/Kep.936-Yansos/2002 tentang Penunjukan Pengelola Sementara Yayasan Darma Bakti Jawa Barat Unit Pusat Dakwah Islam, dengan pelaksana masih mempercayakan kepada KH. Miftah Farird dan tim.

Dengan terbitnya Kepgub Nomor 466.4/Kep.394-Yansos/2004 tertanggal 22 April 2004 maka kepengurusan Yayasan Darma Bakti pada periode ini diberhentikan dengan hormat dan diangkat kepengurusan Yayasan Darma Bakti yang baru.